Las congregaciones de la Iglesia Evangélica del Río de la Plata se dividen en siete distritos.
Cada distrito realiza una conferencia anual de delegados y pastores para estudiar y resolver problemas concretos de las respectivas congregaciones y distritos y reflexionar en común sobre el camino a seguir. La Conferencia de Distrito elige al pastor distrital y al presidente adjunto, el cual debe ser una persona laica. Además se conforma la Comisión Distrital, integrada por un delegado/a de cada congregación, que se reúne periódicamente.
1. Entre Ríos
2. Metropolitano
3. Misiones
4. Oeste
5. Sur
6. Paraguay
7. Uruguay